لجان الفصل في منازعات الأوراق المالية لها استقلالية في مباشرة أعمالها و أن نظام السوق المالية في المادة الثلاثون نص على إنشاء جهات خاصة بالتقاضي في منازعات الأوراق المالية كفل لها التمتع باستقلاليتها التامة في اتخاذ القرارات وإصدار الأحكام التي تراها متوافقة مع صيغة الأنظمة واللوائح الصادرة، وأصبحت حسب مواد النظام هي جهة التقاضي المعنية بالفصل في القضايا بين أطراف النزاع من مستثمرين وشركات الوساطة المالية والجهات التنظيمية والتنفيذية للسوق على حد سواء.